Image default
COVID-19 Divulgazione Opinioni

Italian SARS-CoV-2 Sequencing Network (ISSN)

Se c’è una cosa che questa pandemia ci ha sicuramente insegnato è che i dati sono potere, e che sono tutti in qualche modo collegati tra loro.

Sappiamo ad esempio che ad un aumento dei contagi seguirà qualche settimana dopo un aumento di decessi, come è pure noto che l’indice di trasmissione R debba essere minore di 1 affinché la pandemia possa considerarsi sotto controllo. I dati epidemiologici sono stati nell’anno passato la bussola che ha guidato le decisioni dei governi di tutto il mondo, ma potrebbero non essere più sufficienti.

Questo tipo di dati, infatti, ci fornisce delle informazioni che descrivono solo la diffusione del virus nella popolazione, senza dirci nulla sulle caratteristiche di SARS-CoV-2. L’emersione della variante B.1.1.7 (anche nota come variante “inglese”) ci ha chiaramente dimostrato che a fianco ai dati epidemiologici devono necessariamente esserci dei dati di sorveglianza genomica.

Per quanto sia infatti vero che SARS-CoV-2 è caratterizzato da un tasso di mutazione decisamente inferiore a quello degli altri virus a RNA, è anche vero che ogni contagiato rappresenta per il virus un’occasione per mutare e meglio adattarsi al suo ospite.

Questo adattamento non è necessariamente un vantaggio per l’ospite, ma anzi, come B.1.1.7 ci ha fatto chiaramente vedere, potrebbe rendere la gestione della pandemia decisamente più complessa.

Per questa ragione chiediamo che venga instituito un network nazionale di laboratori che si occupi della sorveglianza genomica di SARS-CoV-2 (Italian SARS-CoV-2 Sequencing Network, ISSN).

Nel pratico, si tratta di individuare dei laboratori che insieme siano in grado di sequenziare giornalmente un gran numero di campioni virali prelevati da individui risultati positivi.

Questi individui dovrebbero ricadere in almeno una di tre categorie:

CategoriaDescrizioneRagione
1Campione giornaliero completamente casuale. Una certa percentuale dei positivi.Monitorare la comparsa di nuove varianti. Rilevare la distribuzione e l’abbondanza delle varianti.
2Chi proviene da luoghi da luoghi considerati a rischio, come ad esempio le grandi città o l’estero.Tracciare l’importazione di varianti estere e contenerne la diffusione.
3Pazienti peculiari, come ad esempio i “long-COVID”.Determinare l’eventuale ruolo dell’interazione tra paziente/ambiente/terapia e virus nella selezione di nuove varianti.

I dati ottenuti sarebbero poi facilmente condivisibili pubblicandoli su database liberamente accessibili come gisaid.org.

Lo scopo di questo progetto sarebbe non solo quello immediato di fornire una corretta stima della diffusione della variante B.1.1.7 sul territorio nazionale, ma anche di fornire i dati necessari per affrontare al meglio il resto della pandemia.

Ognuno dei test molecolari attualmente in commercio si basa su diversi geni e diverse sequenze del virus e la diffusione di nuove varianti potrebbe renderli meno efficaci nell’individuare i positivi. Il test TaqPath (ThermoFisher) usato in Inghilterra, ad esempio, si basa sui geni ORF1ab, N e S, ma la variante B.1.1.7 si è dimostrata in grado di eludere la rilevazione tramite il gene S. Ciò significa che quegli specifici test risulteranno sì positivi per i geni ORF1ab e N, ma non per S.

Sapere quali varianti precisamente circolano in Italia ci permetterebbe quindi di avere anche un’idea più precisa di quanto accurati sono i test che stiamo usando dato che ognuno si basa su sequenze geniche diverse.

Al fine di assicurarsi inoltre che la campagna vaccinale si realizzi nel suo pieno potenziale, è auspicabile la conoscenza dell’intera gamma di varianti presenti sul territorio nazionale onde evitare la selezione e diffusione di quelle che eventualmente risultassero capaci di eludere la risposta immunitaria generata dai vaccini.

Per queste ragioni noi chiediamo che l’opera di sequenziamento non sia lasciata ai singoli laboratori locali, ma organizzata, coordinata e finanziata a livello nazionale, come peraltro anche l’Organizzazione Mondiale della Sanità suggerisce di fare (https://www.who.int/publications/i/item/9789240018440).

Firma la petizione indirizzata al Comitato Tecnico Scientifico, al Ministero della Salute e al Ministero dell’Università e della Ricerca al seguente link http://chng.it/dTVkQf7bvw.

Sei un esperto di genomica, virologia, epidemiologia o altre materie affini e vuoi sostenerci?

Scrivici a biologiperlascienza@gmail.com indicando il tuo nome e la tua affiliazione (titolo, università/azienda/associazione) e ti aggiungeremo alla lista.

Esperti che sostengono l’iniziativa “Italian SARS-CoV-2 Sequencing Network”:

NomeAffiliazioneNomeAffiliazioneNomeAffiliazione
 Roberto De VogliAssociate Professor, Global Health and Psychology of Power, Università degli Studi di Padova Roberto Ambra Ricercatore,
Consiglio per la ricerca in agricoltura e l’analisi dell’economia agraria (CREA)
 Roberto BiassoniDirettore del laboratiorio di Diagnostica Molecolare, IRCCS Giannina Gaslini (GE)
      
      

Articoli correlati

L’intro di Time dei Pink Floyd è oro e blu – La sinestesia colore-musicale

Biologi per la Scienza

C’era una volta il tracciamento

Biologi per la Scienza

Caro guarito dalla Covid19, la tua testimonianza non conta un cazzo.

Biologi per la Scienza

Questo sito, come tutti i siti web, utilizza i cookie. ACCETTA LEGGI L'INFORMATIVA