Un tampone da NOBEL allo Scoglio (Stefano)

Biologi per la Scienza — Sat, 03 Oct 2020 14:01:04 +0000

Un tampone da NOBEL allo Scoglio

Tutte le verità che non ci vogliono rivelare

Ringraziamo Stefano Scoglio e la sua pagina facebook per il documento “LA NUOVA PATOLOGIA DELLL’ASINTOMATICITÀ e IL TAMPONE INVALIDO” – con un tempo di 11 minuti di lettura – per permetterci di parlare di virus, tamponi, pcr e candidati al Nobel. Tratteremo le varie affermazioni del post di Stefano Scoglio (che ha totalizzato oltre 1000 condivisioni) per punti.

1. I TAMPONI PER UN VIRUS CHE MUTA

Scoglio scrive:

“la validità o meno del test si basa sull’isolamento o meno del fantomatico virus, di cui esistono ormai 40.000 sequenziamenti genici, e che ci dicono che muta continuamente.”

E già qui si parte male. Esistono i sequenziamenti? Certo. Ci stanno dicendo il virus muta come un pazzo? No. In generale i virus a RNA mutano con maggiore frequenza rispetto a quelli a DNA, ma nel caso specifico del Sars-CoV-2 la frequenza di mutazione è abbastanza bassa paragonata ad altri virus a RNA. Rimandiamo a quanto scritto da Marco Gerdol (ricercatore all’Università di Trieste) in un ottimo post per i dettagli.

Abbiamo sentito molte (e forse troppe) volte dire “il virus è mutato”. Questa affermazione è stata spesso associata a…

Pubblicato da Pop Medicine su Mercoledì 10 giugno 2020

In generale nella sequenza di un virus esistono regioni più e meno propense a mutare. Il virus di nostro interesse, inoltre, possiede sequenze più o meno simili ad altri virus e per un buon test diagnostico l’ideale sarebbe ricercare una sequenza caratteristica del virus (che solo quel virus ha) e che venga conservata nel tempo (cioè che muti il meno possibile). Per fare un esempio se il Sars-CoV-2 ha fatto la sua fortuna utilizzando le proteine spike per entrare dentro le nostre cellule si può immaginare che le sequenze che codificano per questa proteina siano delle ottime sequenze da rintracciare per un test diagnostico.

2. 80% DI FALSI POSITIVI

Beh che dire Stefano Scoglio utilizza un paper scritto in cinese – immaginiamo lo abbia letto con attenzione – che è stato ritrattato dalla rivista per grossolane inesattezze. Se fosse vero nulla avrebbe impedito agli autori di sottomettere il paper a riviste ben più prestigiose come Nature o The Lancet per ottenere un risalto internazionale. Per Scoglio è in atto un gomblodo in cui solo lui e pochi discepoli si sono accorti dell’inganno dei test diagnostici.

3. LA VERSIONE SUI PRIMER DI SCOGLIO

E qui si passa alle comiche, Scoglio afferma:

“il primer sintetico usato per rilevarlo ha 18-24 basi, ovvero una frazione corrispondente allo 0.07% del genoma del virus”

continuando:

“Con una sequenza genica che copre solo lo 0.07% del genoma, appare evidente che si possono intercettare gli RNA di tanti altri organismi o dello stesso soggetto.”

Evidentemente il luminare della PCR non è a conoscenza che eseguire una Real Time PCR sia necessario amplificare un corto segmento di circa 200 paia di basi. Vogliamo usare la matematica per una volta? Quante sono le possibili combinazioni di basi che possono comporre una sequenza di 18 nucleotidi? Le basi in cui è scritto il DNA sono 4 (A,C,T e G) e ad ogni passaggio possiamo inserire una di queste 4 basi…la risposta è abbastanza semplice, 4x4x4x n dove n è il numero di basi del mio primer quindi 4 elevato alla n. Per essere molto precisi in questo caso 4 elevato alla 18, ovvero 68.719.476.736 possibili sequenze. Aprossimando enormemente per difetto: 68 miliardi noi vogliamo che il nostro primer si appai con una sola sequenza. E noi di primer ne utilizziamo due (quindi dobbiamo fare per due). E vogliamo che sia sintetizzato un segmento di circa 200 basi. Ma non finisce qui perché osservando le curve di melting di una real time è possibile accorgersi se nei campioni sono presenti eventuali contaminanti oltre al fatto che i risultati saranno confrontati con una curva standard precedentemente realizzata per controllare la cinetica dell’amplificazione. Più altri controlli del caso (Sonde Taqman, ecc ecc).

Qual è quindi la probabilità che si formi un frammento di DNA di 200 paia di basi, utilizzando un primer specifico dai 18 ai 24 nt, che non sia il mio frammento di interesse (specifico per il virus) e che nessuno dentro un laboratorio sparso in tutto il mondo non si accorga di errori così grossolani? Diremmo che sono abbastanza scarse.

4. IL CLASSICO NON CE LO VOGLIONO DIRE

Le sequenze dei primer non sono rivelate. Questo se fosse vero (non lo è) potrebbe essere dovuto al fatto che le aziende private vendano i kit con tutto pronto e con un minimo di riservatezza sui componenti. Nulla vieta di sequenziare tutto e scoprire come sono fatti questi misteriosi primer.
Data la situazione di emergenza globale, comunque, le sequenze dei primer sono note.

5. NON SI CONOSCONO I PROTOCOLLI, I PROTOCOLLI NON SONO PUBBLICI

Alleghiamo il primo protocollo che abbiamo trovato con una semplice ricerca. Basta saper cercare.

6. NON ABBIAMO ISOLATO IL VIRUS

Il virus è stato isolato e letteralmente fotografato in questo articolo. Per eventuali dubbi Scoglio può anche guardare questo articolo in cui si dimostra che gli anticorpi sviluppati da tre pazienti risultati positivi al tampone sono in grado di impedire l’infezione in colture cellulari.

7. EH ALLORA KARY MULLIS???

Mullis non ha mai detto che la PCR non abbia valore diagnostico per i virus, anzi, cercando su internet si trova subito un articolo che spiega come questa sia una citazione di John Lauritsen falsamente attribuita a Mullis e presa comunque fuori contesto, in quanto era parte di un articolo in cui semplicemente si si metteva in luce come la PCR fosse una tecnica qualitativa e non quantitativa. Se proprio vogliamo essere onesti poi, la tecnica usata nel test per il SARS-CoV-2 non è una PCR, ma una quantitative rtPCR, che permette non solo di vedere se c’è il virus, ma anche quanto ce n’è.

Diciamo che leggendo il post scritto dal dottor Scoglio ci si pone qualche domanda sulle sue competenze e sulla sua più volte ribadita e presunta candidatura al Nobel (si anche lui è un candidatissimo, non solo Tarro).

Un tampone da NOBEL allo Scoglio

Scoglio stando a Scopus (database utilizzato dai ricercatori) ha un H-index di 6. Tuttavia, se Scoglio è l’inventore della pasta allo scoglio il Nobel se lo merita tutto. Sempre per rimanere in tema di pasta se questo post di Scoglio fosse un piatto sarebbe senza ombra di dubbio un bel post alla puttanesca.

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